Enzo Pontarollo ha insegnato presso la Libera Università degli Studi di Trento dal 1975 al 1978 e l'Università di Padova dal 1981 al 1983, anno in cui ha assunto la cattedra di Economia Industriale nella Facoltà di Economia e Commercio dell'Università Cattolica di Milano.

Nel 1995 è stato Visiting Professor presso il Centre d'Etudes de l'Industrie et des Services dell'Université di Paris 1 - Pantheon Sorbonne. È stato membro di numerose commissioni di studio governative, tra cui quella sull'industria tessile (1976), sull'elettronica (1979-82), sulla concorrenza (1987-88), e sull'industria termoelettromeccanica (1988-89).

Dal 1978 è membro della Redazione e del Comitato scientifico della rivista "L'Industria" di cui nell'ottobre 2008 è diventato direttore. Dal 1986 al 1999 ha fatto parte del Comitato Editoriale della Casa Editrice Vita e Pensiero. Dal 1991 al 1995 ha fatto parte del Comitato Consultivo della CEE per gli appalti pubblici e dal 1994 al 1998 del Consiglio Superiore Tecnico delle Poste e delle Telecomunicazioni. Dalla fondazione è condirettore del Centro di Ricerche Economiche sui Problemi del Lavoro e dell'Industria (CRELI) dell'Università Cattolica.